Es gibt (mindestens) zwei Arten, einzelne Domains in Googles “Benutzerdefinierten Suchmaschinen” zu unterscheiden:

1. Für jede Domain eine eigene Suchmaschine anlegen. Vorteil: Separate Keywords, Description, … für jede Suchmaschine. Nachteil: Jede Suchmaschine kostet separat beim Upgrade auf die kosten­pflichtigen Features
2. Die Domains alle derselben Suchmaschine hinzufügen, und bei Aufruf per Parameter “as_sitesearch” filtern (Quelle, Docs). Vor-/Nachteile sind genau umgedreht.

PS: Option 2 funktioniert nicht nur für Domains, sondern auch für Verzeichnisse, also etwa “example.com/de” vs. “example.com/en”